Gmina Lindern znajduje się w południowo - zachodniej części powiatu wiejskiego Cloppenburg,
przy granicy z powiatem Emsland.
Zgodnie z podziałem naturalnym gmina należy do nadbrzeżnego, wysoko położonego, nieurodzajnego obszaru Sögel (Hümmling) i jako Sögel-Lindern stanowi jego część składową. Ten piaszczysty, gliniasty obszar moreny dennej przedzielony jest falistymi grzbietami nieurodzajnej ziemi i równoległymi do nich terenami nizinnymi (Nordradde, Mittelradde i Südradde).